市場上有很多文件系統支援 Linux環境，其中最普遍的類型是 ext2，其他如 ext3、 xfs、 jfs、及 reiserfs 等日漸普遍及他們一般也進入標準的 Linux 核心。此章主要描述一些作者使用這些文件系統來管理 Aptus 及Lilnux 的經驗。它也會提及使用這些文件系統的有關性能及穩定性方面的功能。
人們紛紛愛轉用 Ext3 ，全因它的日誌登載/記錄功能。這功能容許用戶在不正確關機後快速地將文件回復。 Ext2 及 Ext3 是反向兼容，您能透過 tune2fs 工具移動您的 Ext2，這些工具都可在大多數普遍的 Linux distribution 中找到。從 Ext2 轉換一個文件系統至Ext3，御載您的文件系統及按照以下程序。
此 -j 選項將在您現有的 Ext2 文件系統上攔阻日誌以轉成一個 Ext3 文件系統。 有關詳細攔阻日誌的大小，請參閱man 8 tune2fs。Ext3 只能有中水平的表現。然而，很多人選用 Ext3 是因為其較佳的兼容性。它亦有一系列擴展性的修復及除錯工具，而且它商用的保護性能也令人安心使用。JFS 被稱為日誌文件系統，是由IBM所建立的。它擁有日誌功能及合理的表現。JFS是從成熟的IBM AIX建立的一個文件系統。現今，JFS並非在標準的Linux核心之下，您或許覺得難以在Linux 取得幫助或修復JFS。Mandrake Linux distribution 在其 2.4.18 Linux 核心程式中運送JFS，故此如您希望使用 JFS，您必須使用 Mandrake Linux。
XFS 是由 Sgi 建立的。它源於IRIX作業系統，是一個擁有高表現水平的日誌文件系統。現今， Mandrake Linux 隨著它的 stock kernel 運送 XFS。此文件系統比 Ext3 及帶有日誌功能的Ext2 擁有更高的平均性能。XFS 擁有一些特別的功能，如保証輸入輸出率及於龐大目錄的快速搜索功能。它亦支援特大文件及兼容 on-disk 至 IRIX 版 XFS。 它亦支援一個64K的文件卷。
一個純 Linux 為本的高性能日誌文件系統。發佈的日期當天，reiserfs 的版本是 4 。 我們的經驗顯示 reiserfs 版本 4 擁有以上文件系統的非一般性能，在一個目錄內能儲存大量文件，而同時亦可快速檢示文件。reiserfs 的問題是它的卷分配容易在不正確關機後出現衝突。如您關注其穩定性(如數據文件儲存或用戶主目錄)，請使用其他文件系統。然而我仍建議使用 reiserfs 在 /usr 及其他非經常更改的文件系統。
LVM 為一種達企業水平的管理驅動器。它的功能十分強大，能在動態地重新調整分區的大小，不用備份或更改分區的資料。使用LVM，您必須於設定時新增 LVM 卷群組及邏輯卷。我們建議您在主目錄使用LVM，因在主目錄中，儲存容量的需求極高。LVM 本身並非一個文件系統，它實在是一個多磁碟的卷設備軀動器。除了容量上的擴展性，它亦提供文件系統的快照功能，這對於製作一個不斷在增加的系統備份是十分實用的。LVM 亦可把您的數據分開儲存在多個磁碟上，透過數據分段以增加性能。詳程請參閱 怎樣使用LVM。