運行時間配置可控制 Aptus 客戶端的行為及表現，運行時間配置文件存放在群組文件系統中(groupfs) /var/opt/aptus/mygroup/groupfs/etc/var/opt/aptusgroup.conf。當 Aptus 客戶端起動時便會用到這配置文件，主用戶的運行時間配置文件則存放在主機文件系統(hostfs)中 /var/opt/aptus/mygroup/hosts/myhostname/etc/var/opt/aptushost.conf。 Init過程會先讀aptusgroup.conf，接著再讀aptushost.conf。 在 aptushost.conf中的配置無視小組的設定，如果您沒有對文件作任何特別的設定，它會預設為以下的設定：
交換文件的體積是以 megabytes 計算，預設128值，您可以根據自己的需要變更這選項。設定會在下一次起動時生效。請注意，這只應用於地方交換文件或 NFS 文換文件上，而不會影響地方交換分區。
如沒有指定 NFS 交換伺服器的 IP 地址，便會用 Aptus 伺服器的。
交換伺服器的 NFS 出口徑預設值是 /var/netswap。
地方交換分區或是地方設備都為地方交換文件使用。預設值為 auto 即自動偵測。您可以指定使用某一個分區，如果目標分區是一個 Linux 交換分區，這就會自動成為一個交換分區，否則會試圖在 /mnt/local 登入文件系統。現在除了 NTFS，大多數支援 Linux 文件，有關地方交換設備的登入時間選項，請參考 LOCAL_SWAP_MOUNT_OPTION。
如果 LOCAL_SWAP 不是交換分區的類型，取而代之便是地方交換文件，這設定了文件的名稱。
為地方磁盤用作交換的登入選項，某些文件系統如fat，請求特別的登入選項(如為文件，uid，及gid設定預設的umask)，您需要在這指定登入選項。
請注意，指定於 aptushost.conf中的OPTION= 會令系統使用預設值，因為 OPTION= 解作 empty string。